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Calculateur de température d'hybridation PCR — Paire d'amorces, ΔTm et plage de gradient
Estimez un point de départ pratique pour la température d'hybridation PCR à partir des Tm des amorces sens et antisens, signalez les paires d'amorces incompatibles et générez une plage de gradient pour l'optimisation empirique.
Dernière mise à jour : 2026-09-17
Résultats
Formule, exemple et hypothèses
Ta de départ ≈ Tm de l'amorce la plus basse − 5 °C ; gradient affiché autour de l'estimation de départ.
Pour des amorces dont les Tm sont de 60 °C et 61 °C, une estimation de départ de 55 °C pour l'hybridation, accompagnée d'un gradient proche, constitue un premier essai utile.
- La température d'hybridation dépend du protocole et de la polymérase ; les recommandations du fabricant prévalent.
- Le résultat est un point de départ pour une optimisation empirique, et non une garantie de spécificité ou de rendement de l'amplification.
Questions fréquentes
Pourquoi utiliser la Tm de l'amorce la plus basse ?
Une étape d'hybridation commune doit permettre aux deux amorces de se fixer ; une règle de départ simple se base donc sur l'amorce la moins stable thermiquement.
Que faire si les Tm des amorces diffèrent beaucoup ?
Un ΔTm élevé est un signal d'alerte de conception. Plutôt que de forcer une température de compromis, envisagez de reconcevoir la paire et vérifiez-la expérimentalement.