Calcolatore di biologia e laboratorio MAXScanner
Calcolatore della temperatura di annealing PCR: coppia di primer, ΔTm e intervallo di gradiente
Stima un valore pratico di partenza per la temperatura di annealing della PCR a partire dai valori di Tm dei primer forward e reverse, segnala le coppie di primer non compatibili e genera un intervallo di gradiente per l'ottimizzazione sperimentale.
Ultimo aggiornamento: 2026-09-17
Risultati
Formula, esempio e ipotesi
Ta di partenza≈Tm del primer più basso−5 °C; il gradiente è mostrato attorno alla stima iniziale.
Per primer con Tm di 60 °C e 61 °C, una stima iniziale di annealing di 55 °C con un gradiente vicino è un primo esperimento utile.
- La temperatura di annealing dipende dal protocollo e dalla polimerasi; le indicazioni del produttore hanno la priorità.
- Il risultato è un punto di partenza per l'ottimizzazione sperimentale, non una garanzia di specificità o resa dell'amplificazione.
Domande frequenti
Perché usare la Tm del primer più basso?
Una fase di annealing comune deve consentire a entrambi i primer di legarsi; una regola semplice di partenza si ancora quindi al primer termicamente meno stabile.
Cosa succede se le Tm dei primer differiscono molto?
Un ΔTm elevato è un segnale di avvertimento in fase di progettazione. Invece di forzare una temperatura di compromesso, valuta di riprogettare la coppia e verificala sperimentalmente.