Calcolatore di biologia e laboratorio MAXScanner
Calcolatore Tm dei primer: temperatura di fusione, GC% e verifica della coppia di primer
Stima la temperatura di fusione (Tm) di un primer di DNA a partire dalla sequenza, confronta primer forward e reverse, verifica il contenuto di GC e il ΔTm e mostra il metodo di calcolo utilizzato.
Ultimo aggiornamento: 2026-09-17
Risultati
Formula, esempio e ipotesi
Oligo corti: Tm≈2(A+T)+4(G+C). Oligo più lunghi: Tm≈64,9+41·(GC−16,4)/N.
Un primer di 20 basi con un contenuto di GC bilanciato si colloca in genere vicino all'intervallo di temperatura usato come punto di partenza per l'ottimizzazione di routine della PCR.
- Si tratta di una stima didattica per la pianificazione; la composizione del tampone e i sistemi polimerasici possono modificare la Tm sperimentale.
- Per lavori in cui la sequenza è critica, confronta il risultato con un calcolatore nearest-neighbor, usando le tue concentrazioni effettive di ioni e di oligo.
Domande frequenti
Perché i calcolatori di Tm dei primer danno risultati diversi?
Possono usare modelli termodinamici diversi, correzioni per la concentrazione salina, concentrazioni di oligo e ipotesi sul tampone differenti. Confronta il metodo e le condizioni, non solo il valore finale.
Bisogna includere una coda di clonaggio in 5′?
Per l'innesco del primo ciclo, valuta separatamente la regione di legame al templato, perché una coda non appaiata non si lega inizialmente al templato.